目前生物信息學探究性教學應用于教學實踐的時間不長，雖然取得了一定的成果，但在實踐環(huán)節(jié)還存在以下主要問題。

1.學生的基礎知識不扎實，導致探究性教學效果不好。生物信息學是生物、數(shù)學與計算機等學科形成的交叉學科，在進行探究性的教學過程中，涉及到數(shù)學與計算機方面的知識和技術比較多，而生物背景的學生在這方面的知識比較欠缺或者不強，所以在探究性問題的自主探究時，表現(xiàn)出參與的興趣不高、設計的方案較為單一、小組協(xié)作的效率較低等實際問題，從而導致探究性教學效果不好。

2.學生的動手實踐和創(chuàng)新能力不強，導致探究性教學沒有落到實處。在按照自主設計的探究方案進行上機實踐時，大部分學生的自主設計方案不能在上機時間內完成。除過設計較為復雜的情況外，大部分原因是由于學生自身對計算機的linux操作系統(tǒng)、perl編程語言以及相關的操作技術不熟造成的，有些細節(jié)在他們的自主設計中沒有考慮到，所以總會碰到很多超乎其想象的問題。本來這些問題在課外時間學生可以繼續(xù)解決，但由于學生的學習科目很多，上機沒有完成的內容很少有學生在課外繼續(xù)探究，導致探究性的上機實踐活動沒有落到實處。

3.教師的授課時間和水平限制，導致探究性教學的教師導向作用不明顯。教師能否提出啟發(fā)性的，適于進行探究性的問題是探究性教學能否取得成功的關鍵所在。但是由于課時和教學內容的限制，很多提出的問題還是以教師為中心，學生沿著教師的思路向統(tǒng)一的結果或者答案靠攏，學生并沒有根據(jù)自身的知識結構從多種途徑進行探索。

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