有一個單獨的基因,匪夷所思地掌握著索解進(jìn)化謎團(tuán)的鑰匙
□何積惠編譯
查爾斯?達(dá)爾文給他的論著冠以《物種起源》之名,其實,物種形成是他無法解釋的一個難題。他稱它為“謎中之謎”,甚至在時隔一個半世紀(jì)后,兩種動物為什么會缺乏遺傳親和性的機(jī)理依然是生物學(xué)領(lǐng)域最令人困惑的謎團(tuán)之一。
我們理解達(dá)爾文筆下棲息于加拉帕戈斯群島的鳴禽是如何由單一的物種進(jìn)化而來的??不同的種群變得互為隔離,逐漸適應(yīng)不同的環(huán)境,直到它們不再能彼此繁殖為止。然而,物種形成還會以快速發(fā)生,不必經(jīng)由種群的物理隔離,這一點解釋起來要困難得多�?墒�,有一個單獨的基因竟匪夷所思地掌握著索解謎團(tuán)的鑰匙。
那個基因構(gòu)成了遺傳重組這一命運攸關(guān),卻看似風(fēng)馬牛不相及的過程的核心。在卵子和精子的生成期間,染色體會進(jìn)行配對、交叉并交換DNA片段,將你承襲自母系與父系的基因混合在一起。這番旨在梳理遺傳物質(zhì)的“洗牌”,正是賦予我們個體以特異性的本源。但重組也會在催生新的物種中發(fā)揮作用,這又是誰也不曾料想到的。
突破是伴隨著下述發(fā)現(xiàn)而取得的:控制遺傳交換的基因,還參與了在同類物種不同成員之間造成生殖不親和性的過程,而那種遺傳交換被冠以平淡無奇的名稱,叫作PR-結(jié)構(gòu)域包含9或者簡稱Prdm9。Prdm9亦即俗稱的“物種形成基因”,如果它的兩種作用被證明是有聯(lián)系的話,那么它可能就是進(jìn)化中“下落不明”的X因子。
排查X目標(biāo)鎖定
有一個未經(jīng)查明的基因的差異,至少在一定程度上造成了這種讓科學(xué)家費解的生殖隔離。
Prdm9的故事始于1974年的布拉格,當(dāng)時年輕的遺傳學(xué)家伊日?福雷特正供職于捷克斯洛伐克科學(xué)院。他在對兩個小鼠亞種進(jìn)行雜交繁育的時候發(fā)現(xiàn),雙親基因?qū)崿F(xiàn)某種組合的雄性后代是沒有生殖能力的。進(jìn)一步的雜交實驗表明:有個未經(jīng)查明的基因的差異至少在一定程度上造成了這種生殖隔離。實際上,基因創(chuàng)造的是兩個物種。這是脊椎動物中第一個已知的物種形成基因,而且至今仍是唯一已知會引起“雜種不育”的基因。不過,在那個階段,其身份依然是曖昧不明的。
在迎接新千年的世紀(jì)之交,福雷特及其同事追根溯源,終于在小鼠第17號染色體剛好包含6個基因的區(qū)域里找到了它們的物種形成基因。然后,通過有系統(tǒng)地排查另外5個基因,他們把Prdm9基因這名“罪犯”逼得陷入了走投無路的絕境。
在牛津大學(xué),進(jìn)化生物學(xué)家克里斯?龐廷也同時開始實施一項看似毫不相關(guān)的研究計劃:通過翻檢人類基因組,搜索使我們變得獨一無二的基因�!叭绻胍私馐鞘裁词谷祟惓蔀槿祟惖木売�,那就得探明哪個基因在人類身上的進(jìn)化速度最快�!饼嬐⒄f。令他頗感意外的是,他不期然地遇到了幾個月前受到福雷特追蹤的同樣基因??Prdm9�!八匀祟�歷史上進(jìn)化最快的基因而著稱�!饼嬐⒙暦Q。人類與黑猩猩的差異涉及Prdm9中7%以上的DNA堿基,超出了物種間平均差異的5倍。
龐廷覺得奇怪的是,為什么他在搜尋進(jìn)化“短跑運動員”中竟會挖掘出一個所謂的物種形成基因,而不是影響語言或大腦等人類特異性狀的某些要素呢?隨著他的視野漸趨開闊,答案變得明明白白:縱觀整個動物王國,從嚙齒目動物和海葵到蝸牛和蠕蟲,Prdm9是以超常的速率在實現(xiàn)進(jìn)化的。這完全不是人類所獨有的特征。
探明X的功能
是什么基因釀成了這種局面呢?你猜得沒錯,正是X??Prdm9,它在激活重組熱點方面起著決定性的作用。
龐廷拘囿于人類特異性的探索走進(jìn)了死胡同。但是,福雷特唯有內(nèi)行才懂的小鼠基因卻開始愈益顯示令人感興趣的一面。它是一個具有明顯進(jìn)化作用的基因,卻又跟不育這一進(jìn)化死胡同相掛鉤。毫無疑問,解決矛盾的關(guān)鍵在于探明Prdm9的功能�!皼]有一種基因會通過進(jìn)化而造就不育小鼠�!眮喞D谴髮W(xué)的進(jìn)化遺傳學(xué)家邁克爾?納赫曼說,“Prdm9在雜種不育中的作用是其正常功能純屬偶然的副產(chǎn)品。”但那種功能又是什么呢?答案很快就有了,可是,它卻來自另外一個方向。
遺傳重組最初是在一個世紀(jì)前得到表述的,但這方面的研究自從1931年遺傳學(xué)家兼諾貝爾獎得主芭芭拉?麥克林托克論證交叉機(jī)理以來沒有取得多大的進(jìn)展。然而,著眼于整個基因組的測序能力,再度激發(fā)起對重組特別是交叉究竟發(fā)生在哪里這個問題的興趣。人們一直想當(dāng)然地認(rèn)為,它是從基因組的這一端向另一端隨機(jī)發(fā)生的,但更縝密的檢視卻揭示了交叉事件至少有80%發(fā)生在所謂的重組熱點上。(在人類基因組中至少有25000個這樣的點,雖然在卵子或精子生成時只有極少數(shù)處于激活狀態(tài)。)如果說熱點的存在是為了從基因組的要害區(qū)起給交叉鋪設(shè)渠道的話,那么這樣布局是合乎情理的�!爸亟M包括斷開DNA,而你在修復(fù)DNA的時候往往會犯錯誤。”牛津大學(xué)的統(tǒng)計遺傳學(xué)家吉爾?麥克維恩說。所以,緊扣熱點而不為基因所羈絆,當(dāng)然可能被視為一件好事。
然后,時至2008年,麥克維恩和他的同事西蒙?邁耶斯發(fā)現(xiàn),大約40%的熱點具有相同的含有13個堿基的DNA序列或基元,他們意識到或許有某種機(jī)制會自動導(dǎo)向激活熱點和觸發(fā)重組的基元。最有可能擔(dān)當(dāng)這一職責(zé)的是所謂的鋅指蛋白,亦即辨識特定的DNA序列并與其相結(jié)合,通常有助于啟動轉(zhuǎn)錄過程的鑰匙狀分子。
去年,有三個研究小組獨立驗證了參與其間的蛋白。按照麥克維恩、法國人類基因組研究所的貝爾納?德?馬西和美國杰克遜實驗室的肯尼斯?佩根所率領(lǐng)小組的說法,這的確是鋅指蛋白。那么,是什么基因釀成了這種局面呢?你猜得沒錯,正是Prdm9。三項研究綜合在一起所提供的強有力證據(jù),指向了Prdm9在激活重組熱點方面所起的決定性作用,其中至少有40%包含著麥克維恩所說的13堿基基元。參與研究的人大多認(rèn)為,Prdm9或許發(fā)揮著一種更加無所不在的作用,而且還能識別其他熱點基元,只是目前尚無其他基元被“驗明正身”。
X為什么進(jìn)化很快
Prdm9就是為變化而構(gòu)筑的。經(jīng)它編碼的蛋白質(zhì)有好些鋅指,人類版本大多為12或13個。
有關(guān)Prdm9功能的發(fā)現(xiàn),至少能進(jìn)一步彰顯它為什么進(jìn)化得那么快的原因。每次發(fā)生交叉的時候,斷開點周圍的DNA序列就會丟失一部分,從而抹掉染色體上與Prdm9蛋白相結(jié)合的熱點基元。細(xì)胞會通過復(fù)制其他配對染色體中未受損區(qū)域的序列,藉以補綴這個漏洞。但是,偶爾也有個體在僅存染色體的那個部位攜帶熱點基元,只要一修復(fù)就會將熱點抹掉。于是,當(dāng)卵子和精子生成之際,熱點理應(yīng)會隨著時間流逝而一個接一個地逐漸歸于消隱,直到什么也不剩為止。顯然,那種情景并沒有發(fā)生,Prdm9提供了理由:如果說多數(shù)基因的突變每每帶有破壞性的話,那么任何改變Prdm9鋅指蛋白的突變只不過是更動與它結(jié)合的DNA序列,逐漸形成新的熱點基元�!凹热恍枰亟M,你就不會希望基元遭到侵蝕。”麥克維恩說,“但是,如果你擁有的基因會不斷改變與它相結(jié)合的對象,侵蝕也就不成問題了。你可以趁它尚未構(gòu)成威脅之前給基元挪動一個位置�!�
更何況,Prdm9就是為變化而構(gòu)筑的。經(jīng)它編碼的蛋白質(zhì)有好些鋅指,人類版本大多為12或13個,它們的編碼序列依次經(jīng)排列而形成一個有小衛(wèi)星之稱的結(jié)構(gòu)。出于尚未被完全理解的原因,小衛(wèi)星的突變傾向尤為顯著,所以Prdm9仿佛是全副武裝地同侵蝕熱點展開進(jìn)化競賽的。事實上,據(jù)麥克維恩推測(但還無法證明),Prdm9蛋白的鋅指可能在Prdm9基因本身內(nèi)部即同基元相結(jié)合,成為靠自身實力而存在的重組熱點,所以會表露出甚至進(jìn)化更快的傾向。
由此勾勒出的是一幅基因組紛繁忙碌的圖像。熱點會按照超過數(shù)百上千代的延時序列,始終忽隱忽現(xiàn)地貫穿于整個基因組,而推動變化如擊鼓般一刻不停的“引擎”正是Prdm9。這一事實至少意味著:攜帶不同Prdm9基因變異的個體,它們動用的熱點是不一樣的,甚至采取的重組策略也是不盡相同的。麥克維恩指出,這一點還有可能對不同的人易患遺傳疾病的傾向產(chǎn)生影響,因為重組中導(dǎo)致對DNA意外復(fù)制或刪除的誤差,常會引起諸如進(jìn)行性神經(jīng)性肌萎縮和某些遺傳性神經(jīng)病等的特殊疾病。
X或許普遍存在
繁殖隔離基因或許會成為動物中某種普遍存在,因而顯得無比美妙。
照此說來,Prdm9在重組中的作用就能解釋其極為快速的進(jìn)化了,那么它同物種形成又有什么聯(lián)系呢?以某種方式指定染色體交換物質(zhì)的點,是否使Prdm9強大到足以令卵子和精子無法形成某種組合,或者說,這兩種獨立的能力是否是純屬偶然地被結(jié)合進(jìn)一個基因的?多數(shù)研究人員傾向于第一種解釋�!捌渲写嬖谀撤N共同機(jī)制是言之有理的�!备@滋卣f。
Prdm9變異不親和的小鼠,顯然是不會生育的,但眼下還沒有人甚至去探尋Prdm9與小鼠以外物種的不育聯(lián)系。然而,我們又確切地知道,不同譜系的人類有時候會攜帶Prdm9的不同變體。例如在多數(shù)歐洲人的身上,Prdm9蛋白有13個鋅指,但是數(shù)字從8至18不等。經(jīng)福雷特雜交的小鼠,倘若遇到如此懸殊的差異,那是足以繁衍出不育后代來的。這一點是否對人類同樣適用呢?龐廷認(rèn)為這是值得深入探究的�!斑@種基因變異猶如打入的楔子,可能正在離間我們?nèi)祟惒煌貐^(qū)的種群�!彼f。
這是一個誘發(fā)好奇心的構(gòu)想,但直到今天,似乎仍沒有證據(jù)為它提供依托。發(fā)明DNA指紋識別技術(shù)的亞列克?杰弗里斯和他在英國萊斯特大學(xué)的同事,將承襲自雙親版本相同的Prdm9的男子跟承襲不同版本的男子作了精子計數(shù)比較。據(jù)研究小組一位成員透露,按照精子采樣中的DNA當(dāng)量來估算,版本“混雜”的男子并不存在精子計數(shù)降低的傾向。
當(dāng)然,精子計數(shù)不是衡量繁殖力的唯一標(biāo)桿,同理解Prdm9與雜交不育的聯(lián)系也沒有太大的瓜葛。當(dāng)前的問題是:重組熱點相異的兩個個體為什么會形成不親和性的原因仍不明確。繼續(xù)研究小鼠可望通過揭示Prdm9與其他基因的相互作用來解決這個問題。Prdm9固然是主角,但沒有一個基因完全是孤立運行的。事實上,除了福雷特在X染色體上鎖定的Prdm9外,還有一個身份未知的基因也成為關(guān)注的焦點。一旦這些“角色”的來龍去脈都搞清楚了,可能會更容易理解Prdm9是否和如何促成包括人類在內(nèi)的其他物種的不育的。
“我們可以推測的是,生殖隔離基因或許會成為動物中某種普遍存在,因而顯得無比美妙�!备@滋卣f。如果事情真是這樣,那么Prdm9將會成為索解達(dá)爾文物種分裂之謎的一把鑰匙。屆時,參與貌似無關(guān)痛癢的遺傳交叉過程的基因,才真正稱得上是進(jìn)化的X因子。
來源:文匯報
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